为了保护食品生产的整个过程不受微生物污染的危害，必须对原材料、水、设备等进行处理，此外，一些食品需要一个清洁、无菌、纯化的车间环境，如下列行业。

  　奶制品：酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及研究瑞典的腊肠包装设计中经常用到一个无菌技术处理。一些大型设施需要100,000以上的水平（ISO 8和9）。

  灌装（酒类、饮料等）：啤酒、果汁和汽水作为无菌填装定位工艺设计增加了ISO 5级（100级）和ISO 6级（1,000级）洁净室。

   在传统的体系中，产品在不同的高温下进行隧道式巴氏杀菌处理，改变了产品的物理性能。相比发展之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用成本较低热处理，可在几方面进行改进企业产品的质量。

   净化车间生产的食品，由于其清洁度高，可以保证食品不附着细菌，但不能消除食品本身带来的细菌，因此需要通过加热、喷洒药物、辐照等方法进行灭菌。很多国家食品工业洁净室主要可以用于进行灭菌后的冷却、切断（片）、包装等工序。